Kirito, Eugeo e Alice conseguiram o que parecia impossível: derrotaram a Pontífice da Igreja Axioma, que dominava com mão de ferro o Reino da Humanidade. Entretanto, fora do Reino da Humanidade, na base de pesquisa militar Ocean Turtle, outro conflito se inicia: invasores desconhecidos ameaçam dominar a instalação, pondo em risco até a vida de Asuna! E, no próprio Mundo Virtual, uma outra horda de invasores se prepara para se opor aos restaurados Cavaleiros da Integridade: o terrível Exército do Reino Sombrio!